生物有机肥的生产原料很多，具体可以分为以下几类：
农业废料
比如秸秆、豆粕、棉粕、菜籽饼等。
畜禽粪便
比如鸡粪、牛羊马粪、兔粪；
工业废料
比如酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、糠醛渣、锯末等；
生活垃圾
比如餐厨垃圾、菜市场尾菜等；
城市污泥
比如河道淤泥、下水道淤泥等。
植物产物
比如竹粉、竹炭、竹灰、秸秆炭、草木灰等。