生物有机肥的生产工艺主要是其中有机肥从生产原料到半成品的生产工艺。
在生产上主要应用的生产工艺有两种，一种是平面条垛式堆肥工艺，一种是槽式好氧发酵工艺。此外，实验室小规模试制还有采用密封箱/罐式发酵。
1、平面条垛式堆肥工艺。
生产流程：原料处理--加菌--混合--建跺--翻堆--二次加菌--混合--检验--包装--出厂
优点：投资小、工艺相对简单
缺点：占地面积大、腐熟不**、二次污染严重。
2、槽式好氧发酵工艺。
生产流程：原料处理--加菌--混合--入槽--翻堆--二次加菌--混合--检验--包装--出厂
优点：腐熟**、产品质量高、二次污染小
缺点：设备投入大、投资大